Huntington constató que la política se reconfigura a lo largo de diferencias culturales y de que la modernización no implica necesariamente occidentalización ni democratización, o, en otras palabras, ante el triunfo de la política de la identidad en todo el mundo, cuestionó la euforia de Fukuyama y la «ilusión de armonía» creadas por el fin de la Guerra Fría y llamó la atención sobre el creciente caos y la importancia de las afinidades culturales y de civilización a la hora de redibujar las nuevas fronteras nacionales y las alianzas internacionales. Una civilización la definía como el conjunto de valores, normas, instituciones y modos de pensar a los que las generaciones sucesivas de una sociedad, le dan una importancia primordial.
Huntington enumera las civilizaciones existentes en nuestro planeta: la china, la japonesa, la budista, la hindú, la islámica, la ortodoxa, la latinoamericana, «la africana (posiblemente)» y la occidental. La separación de América Latina y Occidente, de Europa Occidental y Europa Oriental, y de China y el Tíbet, Mongolia y el sureste asiático levantó ampollas en muchos lugares y entre numerosos expertos, que acusaron al norteamericano de arrogante, racista e ignorante.
Sin embargo, pese a que los atentados islamistas a partir de 2001 se han registrado en Estados Unidos, España y Gran Bretaña de manera prominente, que confirmarían la intuición de Huntington, la mayoría de las victimas han sido musulmanes en países musulmanes. Como lucha entre diferentes modo de vivir el islamismo. El aumento en el número creyentes del islamismo, donde el auge del fundamentalismo provoca una reacción violenta contra las civilizaciones que la circundan, especialmente la occidental. Visto que nos encontramos en un declive de Occidente, no sólo en términos de población sino en capacidad defensiva, y la indigenización de la población en numerosos países con elites occidentalizadas marcan lo que Huntington denominó «el fin de la era progresista”
¿Qué podemos hacer para conservar la civilización occidental, la que ha brindado un mayor grado de libertad y oportunidades de progreso material a sus miembros, que se ve amenazada por un islamismo cada vez más hostil, y al mismo tiempo evitar una nueva conflagración mundial que acabe con las vidas y esperanzas de millones de personas en todo el mundo? Esta es la verdadera pregunta que subyace a El choque de civilizaciones.